Sinds 1991 is Koen Augustijnen verbonden aan les ballets C de la B. In het begin was hij er danser in creaties van Alain Platel, Hans Van den Broeck en Francisco Camacho. Vanaf 1997 werd hij één van de huischoreografen van het gezelschap.

Zijn eerste eigen productie was To Crush Time in 1997. Daarna maakte hij Plage Tattoo (1999) in co-regie met drie muzikanten van Zita Swoon en Tamayo Okano. In 2000 volgde Ernesto, een danssolo en docudrama in co-regie met broer Sven Augustijnen, en in 2002 Just another landscape for some juke box money. bâche (2004) betekende een internationale doorbraak, gevolgd door Import/Export (2006) en Ashes (2009).

Koen Augustijnen studeerde geschiedenis aan de Rijksuniversiteit van Gent (1986-1988), volgde theaterworkshops aan het Conservatorium van Antwerpen (1989), bij Jan Decorte in Brussel (1990) en dansworkshops bij o.a. Wim Vandekeybus, Caro Lambert, Min Tanaka, Laurie Booth, Suzanne Linke, Francisco Camacho, Christine Quoiraud, Frank van de Ven en David Zambrano (1990-1999). Zijn belangrijkste vorming en ervaring liggen evenwel in het creëren van producties bij les ballets C de la B.  Als choreograaf werkt hij soms buiten les ballets C de la B, onder andere in projecten samen met dEUS, Ivo van Hove (Toneelgroep Amsterdam), Arne Sierens (compagnie Cecilia) en Stalker Theatre Company. Hij maakte in 2009 een massachoreografie voor de videoclip Dance for the climate van Nic Balthazar. In 2011 werkte hij samen met TG STAN aan de voorstelling Oogst.